Redan i den sjunde minuten tog Apoel ledningen. Djurgårdsmålvakten Jacob Widell Zetterström stod för ett svajigt ingripande på en hörna och sedan kunde Anton Maglica trycka in bollen framför de fanatiska hemmasupportrarna.
10 minuter senare ville Djurgården ha straff då Haris Radetinacs inspel tog på en Apoel-försvarares hand, men domaren valde att fria.
Bara några minuter senare förde tysken Danny Blum upp hemmalaget i en 2-0-ledning. De fick frispark från rätt så snäv vinkel, men Blum drog in den vid den främre stolpen.
Viktigt mål av Andersson
Djurgården var pressat, men med 20 minuter kvar av den ordinarie speltiden lyckades man reducera. Victor Edvardsen petade bollen till Hjalmar Ekdal som lättade över den till Elias Andersson som i sin tur vräkte in bollen.
Det lyckades ändå bli spännande än en gång. Bara minuter senare gjorde Marquinhos 3-1 för Apoel.
I den 91:a minuten säkrade Joel Asoro DIF:s avancemang på riktigt då han gjorde ett kontringsmål som innebar 3-2.
Bråk i slutet
I slutet av matchen blev det rejält bråkigt då Djurgården inte ville slå en hörna för att det kastades in saker mot planen.
Djurgården vann totalt med 5-3 över två matcher. Det innebär att man är klara för gruppspelet i Europa Conference League som inleds den 8 september. Grupperna lottas redan på fredag den här veckan.
Bland lagen som Djurgården kan möta i gruppspel finns Fiorentina, West Ham och Nice.