Cristiano Ronaldo, som gjorde sin första Champions League-match i Juventus, fick lämna planen efter en situation som videodomaren uppmärksammade.
På reprisbilderna ser det ut som Ronaldo försöker ta tag i Murillos hår och blir sedan utvisad.
– Att se ditt lag med tio spelare med ett rött kort som inte var rätt kunde ha försvårat situationen för oss men killarna var verkligen bra, de spelade så länge som de behövde, tills vi hade 2–0 och sen försvarade sig sen planenligt, säger Allegri.
Även förre lagkamraten Rio Ferdinand, numera expert hos BT, är kritisk till det röda kortet som gör att Ronaldo missar matchen mot sin förra klubb Manchester United.
– Cristiano och Juventus måste verkligen överklaga det här, säger han.