Första halvlek var rätt så jämn med målchanser åt bägge hållen. Malmös vassaste hade Jo Inge Berget, som för dagen var anfallare, men han fick ingen bra träff på bollen.
Hela halvlekens bästa läge hade gästernas Jonathan Balotelli, men han lyckades inte ge Skopjelaget ledningen.
Vardar bra efter pausvila
Vardar inledde andra halvlek piggare än det himmelsblåa hemmalaget och i den 63 minuten fick de utdelning genom vänsteryttern Boban Nikolov som avslutade snyggt intill stolpen.
Förarbetet stod just Balotelli för.
Stark slutforcering
Men, trots en svag första halvtimme av halvleken lyckades MFF kvittera. Inhopparen Magnus Wolff Eikrem slog en fin frispark som mittbacken Franz Brorsson nickade in med en kvart kvar att spela.
Efter det började Malmö ösa på och hade flera vassa chanser.
Med bara några minuter kvar sköt en av matchens giganter, danske Anders Christiansen, ett stenhårt skott i ribban.
– Det kändes som det skulle i ribban, ner, ribban och in. Men så blev det inte, säger Pehrsson.
Negativt trendbrott
Varken 2014 eller 2015 släppte Malmö in något mål på hemmaplan i kvalet till Champions League och samma sak gällde för Europa League-kvalet 2013, men den trenden är alltså bruten nu.
Det andra mötet spelas i Skopje på tisdag och på grund av Vardars bortamål räcker inte 0-0 där för att Malmö ska gå vidare. Om Rosenberg kan spela då eller inte är ännu oklart.