– Jag känner mig väldigt glad. Det var mycket arbete bakom det här. Vi vann den första etappen och sedan har det gått exakt som vi önskat, säger Sainz till rallyts hemsida.
Han vann fyra sträckor under svåra förhållanden i öknen och totalt med 6.21 minuter före Nasser al-Attiyah, Qatar.
Sainz ledde tävlingen från den tredje etappen in i mål, men hade ett tag al-Attiyah bara 24 sekunder bakom sig. Sainz kunde dock vinna utan större problem sedan al-Attiyah navigerat fel i öknen tidigare i veckan.
Stephane Peterhansel slutade trea, distanserad med 9.58 minuter efter de 780 milen.
Ricky Brabec vann motorcykeltävlingen som förste amerikan.