Lindgren inledde annars tävlingen starkt och tog åtta poäng på sina tre första framträdanden.
Bland annat svepte han hela fältet i sitt tredje heat, när han startade från den gula ytterbanan.
Lindgren gick innanför Matej Zagar, Tai Woffinden och Jason Doyle och vann heatet efter några fina omkörningar.
Fyra i finalheatet
Lindgren avslutade sedan grundtävlingen med två tvåpoängare och slutade trea i grundtävlingen på tolv poäng.
I semifinalen var han tillbaka på vinnarspåret när han vann heatet före Tai Woffinden och körde sig till sin femte final av sex möjliga.
I finalen startade Lindgren på den röda innerbanan, bredvid störste VM-konkurrenten Bartosz Zmarzlik.
Den regerande världsmästaren Zmarzlik tog också ledningen i heatet, men blev passerad av Tai Woffinden.
Britten ledde också finalheatet in på sista varvet innan Zmarzlik passerade och tog sin andra raka seger i Prag.
Zmarzlik har greppet
Lindgren blev sist i finalheatet där han också blev passerad av Jason Doyle.
Inför de två avslutande deltävlingarna i polska Torun den 2-3 oktober leder Zmarzlik VM-serien på 99 poäng, sju poäng före Fredrik Lindgren.
KLIPP: Lindgren vann i Gorzow – toppar VM-tabellen (13 september)