Enligt arrangören ska olyckan ha inträffat i torsdags eftermiddag.
Bussen ska ha kommit i kontakt med en synskadad fotgängare på ett övergångsställe.
Toyota, som utvecklat de självkörande bussarna, ska tillsammans med arrangören ha beslutat att ta bussarna ur bruk under utredning.
”Vi beklagar djupt de som skadades. Vi samarbetar fullt ut med polisen i detta ärende”, skriver företaget i ett uttalande.
Lämnat återbud
Varken Tokyo 2020 eller Toyota har namngivit offret, men enligt lokala medier är det den japanska judokan Aramitsu Kitazono som råkade ut för olyckan. 30-åringen föll till marken och kommer att behöva två veckors rehabilitering för skadorna.
Kitazono skulle ha gått match på lördag, men har lämnat återbud.
Den japanska tidningen Asahi Shimbun skriver att bussen stannade automatiskt framför övergångsstället, men att de två ansvariga på bussen tryckte på startknappen igen då det trodde att mannen hade upptäckt bussen.
Fem passagerare fanns ombord på bussen och ingen av dem skadades.
Tusentals idrottare bor i den paralympiska byn under spelen och de självkörande bussarna användes också i OS-byn under OS.
KLIPP: Stefan Olsson inför sitt sista Paralympics: ”Jag kan ta medalj”