Misstaget kom precis i slutet när Dante Veltino gjorde halt för tidigt.
Trots misstaget fick Nilshagen 76,04 procent – något som då räckte till en tredjeplats för Sverige som senare blev nedputtat av USA.
– Jag hade gärna haft någon procent mer men det kunde varit värre, säger Nilshagen till SVT Sport.
Medaljhoppet står nu till Patrik Kittel, som går ut 22.48 som sista svensk.
– Inte den sämsta ryttaren man kan ha kvar direkt, men det är väldigt öppet, säger Nilshagen.
I går red Tinne Vilhekmson Silfvén och Juliette Ramel för Sverige. Vilhelmson Silfvén hade även hon en liten miss medan Ramel slog till med personligt rekord i sin VM-debut.