Beskedet kommer bara en dag innan tävlingen avgörs.
Kvalitén på vattnet i Seine har varit omdiskuterat, både före och under OS.
Efter att triathlontävlingarna genomfört sin simning i floden bekräftade Sveriges olympiska kommitté att svenska Tilda Månsson blivit sjuk med kräkningar efter att ha fått i sig E.coli-bakterier.
Efter att ha haft en tät dialog med SOK:s medicinska team har Johansson nu tagit beslutet att inte ställa upp i tävlingen.
– Efter att vi har vägt samman deras rekommendation med alla risker som finns kändes det som om det bästa beslutet är att hoppa av. Därför är det nu bestämt att jag inte ska simma, säger han.