Den 35-årige Mannarino hade spelat fem set i sina tre föregående matcher. Men efter att ha missat en chans att bryta Djokovics serve i första gamet var han aldrig riktigt nära att hota serben.
Djokovic har medgett att han inte känt sig helt kurant under de senaste matcherna, men säger att hans hälsa är på uppåtgående.
– De senaste dagarna har varit riktigt bra. Det går i rätt riktning, både hälsomässigt och tennismässigt.
Nu väntar kvartsfinal för 36-åringen mot amerikanen Taylor Fritz som besegrade Stefanos Tsitsipas under morgonen, med 7-6, 5-7, 6-3, 6-3.