37-åringen, som vann guld i OS i Paris häromveckan, ledde med 6–4, 6–4, 2–0 när Djere – som såg ut att ha ont vid höften – kastade in handduken.
– Det är inte vad vi eller publiken vill se. Han är en väldigt bra spelare. Överlag var det en stormatch, säger Djokovic efter mötet.
Djokovics jakt på en 25:e Grand Slam-titel, som skulle göra honom historisk, fortsätter härnäst med en batalj mot Alexei Popyrin från Australien.