Personalen måste avinstallera appen senast den 15 mars, säger en talesperson till nättidningen Euractive.
– Åtgärden syftar till att skydda kommissionen mot cyberhot och handlingar som kan utnyttjas för cyberattacker mot kommissionens företagsmiljö, säger EU:s talesperson Sonya Gospodinova.
Tiktok, vars moderbolag är kinesiska Bytedance, har mött en ökad oro i väst de senaste månaderna. I fjol förbjöds appen på deviser som används av anställda hos den federala regeringen i USA, och vissa politiker försöker få till stånd ett förbud för appen i hela USA.
I Nederländerna uppmanas offentligt anställda att inte använda appen.
Tiktok erkände i november att vissa av företagets anställda i Kina kan komma över data från europeiska användare, men hävdar att kinesiska staten inte har någon som helst tillgång till informationen. Företaget har lovat att göra om systemet så att användares data bearbetas lokalt. I Europa kommer tre datacenter att skapas.
Tiktok beklagar EU-kommissionens beslut.
– Vi är besvikna över beslutet, som vi tror baseras på grundläggande missuppfattningar, säger en talesperson för Tiktok.