Bankchefen sparkas efter instruktioner från EU, Europeiska centralbanken och Internationella valutafonden, uppger den cypriotiska nyhetsbyrån CNA enligt AFP.
Uppgiften följer på utnämningen av en särskild administratör som fått i uppdrag att driva banken, som räddades från kollaps tidigare i veckan av det smärtsamma europeiska räddningspaketet för Cypern.
Banken ordförande, Andreas Artemis, lämnade in sin avskedsansökan i tisdags.
Kan förlora 80 procent
I en intervju i cypriotisk tv varnar finansminister Michalis Sarris att kunder i landets näst största bank Laiki, även kallad Popular bank, kan förlora upp till 80 procent av innehavet på kapitalkonton på över 100.000 euro.
-Realistiskt, kommer mycket lite att återlämnas, sade Sarris i intervjun.
-Summan kan bli 20 procent.
Kunder i Bank of Cyprus har redan varnats för förluster på upp till 40 procent för alla kontoinnehav på över 100.000 euro, rapporterar AFP.