En anställd på konsulatet, en turkisk medborgare, skadades allvarligt i attacken.
– Vi fortsätter ett nära samarbete med turkiska myndigheter för att utreda vad som har hänt, säger Henrik Landerholm till SVT Nyheter.
Tidigare fanns det uppgifter om att gärningsmannen kom till konsulatet på grund av en visumprocess, och att det inte låg något politiskt motiv bakom attacken.
– Det är den mediebild som har förmedlats. Det är inte en bild som jag har spridit tidigare, säger Henrik Landerholm.
Oro bland ambassadpersonal
Fackförbunden för Sveriges diplomatkår vittnade tidigare i veckan om en stor oro bland medlemmarna på flera ställen.
Bland annat uttrycktes en oro för att de som är lokalt anställda kan vara extra utsatta, då personer i deras närhet vet att de jobbar på svenska ambassaden och ser dem som representanter för Sverige.
– Alla är rädda, sade ST-ordföranden Karina Åbom-Enberg tidigare i veckan.
Flera anställda har också uttryckt en vilja att Sverige blir hårdare i godkännandet av koranbränningar.