Det är Andrea Fermell och Mikael Ahlström som tvingas lämna sina styrelseuppdrag.
Den tidigare S-toppen Elvy Söderström har själv begärt att bli entledigad, skriver regeringen i ett pressmeddelande.
Söderström satt i Socialdemokraternas mäktiga verkställande utskott i 20 år och lämnade så sent som på partikongressen i april i år. Hon fick information om kärnan i Transportstyrelsens IT-skandal redan i oktober 2015, men insåg inte att det handlade om ett lagbrott, har hon själv uppgett i en intervju i Aftonbladet.
– Jag var naiv. Jag reagerade inte så som man skulle ha gjort, säger hon till tidningen.
LÄS MER: IT-skandalen: Detta har hänt
Felländer och Landahl nya ledamöter
Samtidigt blir Anna Felländer, medlem i regeringens digitaliseringsråd, och riksrevisorn Jan Landahl nya styrelseledamöter.
Redan i slutet av juni utsåg regeringen regionskattechefen Anette Landén och tidigare informationssäkerhetschefen Ingrid Udén Mogensen att ingå i styrelsen. Också generaldirektören Jonas Bjelvenstam, som efterträdde den sparkade Maria Ågren, ingår i styrelsen.
Styrelseordförande är Anita Johansson. Hon tog över uppdraget efter Rolf Annerberg, som avgick i spåren av IT-skandalen inom myndigheten.
LÄS MER: Här är de nya ministrarna