Byggnationen upptäcktes av Krokoms kommun som anser att det handlar om åtgärder som kräver bygglov, vilket markägaren saknar.
Olle Hörfors, arkeolog vid länsstyrelsen i Jämtlands län, säger att stora delar av boplatsen grävts bort och att skadorna inte går att återställa.
Enligt honom bör boplatsen vara väl känd eftersom den är inritad på Lantmäteriets kartor.