Upploppet skedde på natten efter att en koranbränning ägt rum på dagen vid Värnhemstorget. Bland annat eldhärjades ett garage med bilar och sten kastades mot polisen.
Erik Åberg, tillförordnad chef för lokalpolisområde Söder, säger att de gått igenom ett omfattande utredningsmaterial för att identifiera pojkarna.
Är de kända av polisen sedan tidigare?
– De tre som nu anhållits är kända av oss sedan tidigare men kan inte gå in närmre på det, säger han.
Hur pojkarna själva ställer sig till brottsmisstankarna kan han inte kommentera.
Förra veckan hämtades tre pojkar under 15 år till förhör, men släpptes sedan på grund av deras unga ålder.
Totalt, säger polisen, att det nu handlar om tretton personer som delgivits misstanke om brott i samband med upploppet. Utöver rubriceringen grovt sabotage mot blåljusverksamhet handlar det om försök till misshandel och ohörsamhet mot ordningsmakten. Två av dem är häktade.