Mannen greps i Rødbyhavn natten till i måndags. Då var han redan anhållen i sin frånvaro och i Sverige kommer han nu att ställas inför häktningsdomare, preliminärt på måndag.
Mannen är i 30-årsåldern. Polisen vill inte berätta vilken nationalitet han har, inte heller om det finns fler misstänkta gärningsmän.
– Det är fortfarande tidigt i utredningen och vi går inte ut och kommenterar mer, säger Anna Westberg, presstalesperson vid polisen i Stockholm.
Offren var två män i 20-årsåldern. Polisen ryckte ut till ett bostadsområde i Kista i nordvästra Stockholm efter larm om skottlossning sent på kvällen den 8 mars och hittade dem skjutna i en bil. Polisen har tidigare uppgivit att de var gängmedlemmar.