Statliga medier rapporterade inledningsvis att minst en person dödats i olyckan.
– Incidenten ägde rum i området nära den sydiranska hamnstaden Jask i Omanbukten under en iransk flottövning, sade en nyhetsuppläsaren under en sändning i statlig tv tidigare.
Regelbundna övningar
Den halvstatliga nyhetsbyrån Fars uppger att roboten träffat fartyget Konarak. Roboten avfyrades från fartyget Jamaran, enligt Tasnim, ytterligare en halvstatlig nyhetsbyrå.
Omanbukten är ett känsligt område då det ansluter till det strategiskt viktiga Hormuzsundet där en femtedel av världens olja transporteras.
Irans flotta och armé håller därav regelbundet övningar i Omanbukten.