Sajten Radio Free Europe rapporterar att männen har tagit sig till Lettland.
UD bekräftar att männen har lämnat ambassaden, men kan inte redogöra för hur det gått till.
– Det jag kan säga är att de två män som olovligen vistats på Sveriges ambassadområde i Minsk själva har valt att lämna, säger Staffan Fjellander vid UD:s pressjour till SVT.
Vitalij och Vladislav Kuznetjik, far och son, tog sig till ambassaden efter att ha deltagit i demonstrationer mot det riggade presidentvalet och har därpå anklagats för brott. När de inte kunde ansöka om asyl tog de sig in på området på annat vis.
Männen uppgav att de löpte stor risk att föras bort och utsättas för tortyr.
I ett filmklipp på Radio Free Europe berättar de båda belarusierna om hur flykten från ambassaden gick till. Den ska ha planerats i månader, och enligt männen lämnade de i en av ambassadens bilar. De fördes till ett sjukhus i en annan stad och därefter ska de ha tagit sig till Lettlands gräns med tåg och taxi.
– Det mest skrämmande var att fatta beslutet att lämna ambassaden, säger sonen Vladislav i intervjun.