De två länderna har tidigare haft en nära relation, men giftmordet på Nordkoreas diktator Kim Jong-Uns halvbror Kim Jong-Nam har utlöst en diplomatisk kris.
”Alla malaysier i Nordkorea kommer tillfälligt vara förbjudna att lämna landet fram till att händelsen i Malaysia är helt löst”, meddelar det nordkoreanska utrikesdepartementet enligt den statliga nyhetsbyrån KCNA.
”Ingen anställd vid Nordkoreas ambassad tillåts lämna landet”, meddelar Malaysia som ett snabbt svar.
Sydkorea har lagt skulden för mordet på Nordkorea, och Malaysia har velat förhöra flera nordkoreaner, men den enda som har gripits har sedan släppts på grund av brist på bevis.
Två nordkoreaner, som Malaysia vill förhöra med anledning av mordet, gömmer sig på Nordkoreas ambassad i Kuala Lumpur, enligt Malaysias polischef.
– Hur mycket längre vill de gömma sig på ambassaden? Det är en tidsfråga innan de kommer ut, säger polischefen Khalid Abu vid en presskonferens.
Han säger att nordkoreanska myndigheter inte samarbetar med utredarna.