Tillslagen var de senaste i en rad där Chile tagit krafttag för att komma till rätta med övergrepp inom kyrkan.
De kom också samma dag som den katolska prästen Oscar Muñoz framträdde i rätten. Muñoz anklagas för övergrepp på sju barn mellan åren 2002 och 2018 och riskerar 15 års fängelse.
– Det är inte en liten sak att dessa mycket allvarliga och upprepade brott tros ha begåtts inne i kyrkan, i ett prästhem, säger åklagaren Emiliano Arias.
Tystats i många år
Påståenden om sexuella övergrepp inom Chiles katolska kyrka och att man har tystat ner desamma kom fram tidigare i år.
Enligt en av Vatikanen utförd utredning ses chilenska biskopar som skyldiga till ”allvarlig försumlighet” i sin hantering av krisen.
Biskopar och präster har fått gå
I maj kallade påven över 30 av biskoparna till Rom, där de kollektivt erbjöd sig att avgå efter skandalen. Flera präster har avskedats och påven Franciskus har godkänt fem biskopars avskedsansökningar, varav fyra anklagas för att ha mörkat övergrepp.