Fartyget ska ha varit i vägen för ett krimskt energiföretag vars båtar bogserade oljeriggar, uppger företaget Chernomorneftegaz.
Händelsen inträffar dagen efter det att besättningen ombord på den ryska jagaren Smetlivyj avlossade varningsskott mot en turkisk fiskebåt i Egeiska havet.
Nära kollision
Båtarna ska ha varit nära att kollidera, enligt ryska försvarsdepartementet.
Samtidigt meddelar Kreml att ett toppmöte mellan ländernas presidenter, som skulle ha hållits i S:t Petersburg på tisdag, ställs in.
Länderna kom överens om det bilaterala mötet förra månaden, innan Turkiet sköt ner ett ryskt stridsflygplan vid den syriska gränsen.
Ryske presidenten Vladimir Putin har beskrivit den händelsen som ett knivhugg i ryggen.