Ledartröjan kommer på den sjätte etappen att sitta på britten Adam Yates.
– Om jag ska vara ärlig var det inte på det här sättet som jag ville ta över ledartröjan, säger Yates till BBC.
Alaphilippe åkte ner på 16:e plats totalt.
Belgisk etappseger
Wout van Aert åkte taktiskt och vann klungspurten. Belgaren hittade luckan på upploppet och vann knappt före Cees Bol.
– Det var inga utbrytningar eller högt tempo. Jag är så glad över att jag fick tillåtelse från stallet att gå för det, säger van Aert iförd munskydd i Eurosports sändning kort efter målgången.
Korsade mållinjen i 67 km/timmen
Belgaren var offensiv och syntes mest av alla under gårdagens tuffa bergsetapp och visade mångsidighet genom att vinna dagens flacka etapp över 183 km mellan Gap och Privas på slätten nordväst om Nice.
– Jag återhämtade mig bra från gårdagen och formen är bra. Nu ska jag åka för laget, säger van Aert som korsade mållinjen svagt uppför i 67 kilometer i timmen.