Juha Rytkönen var rörd efter den överraskande seger på Istanbul Park i Turkiet.
– Vädret var svårt, men jag litade på min körning och jag vill tacka hela mitt team, säger han.
Kristoffersson blev tvåa före bröderna Timmy och Kevin Hansen. Efter racet firades Kristofferssons totalseger.
I totalen blev Kevin Hansen tvåa och norrmannen Ole Christian Veiby trea. Kristofferssons segermarginal blev 43 poäng.
Så slutade VM-serien i rallycross
1. Johan Kristoffersson, Sverige, 240 poäng
2. Kevin Hansen, Sverige, 197
3. Ole Christian Veiby, Norge, 190
4. Timmy Hansen, Sverige, 181
5. Niclas Grönholm, Finland, 177
6. Klara Andersson, Sverige, 145
7. René Münnich, Tyskland, 76
8. Anthony Pelfrene, Frankrike, 71
9. Juha Rytkönen, Finland, 36
10. Gustav Bergström, Sverige, 33