Det blev en blygsam 26:e plats den sista etappen mellan Bisha och Jeddah för Ekström, drygt tio minuter efter Henk Lategan, Sydafrika.
– Vi har samlat på oss mycket bra erfarenhet, och vi är också superglada att vi fick med oss en etappvinst, säger Ekström.
Nasser Al-Attiyah, Qatar, vann rallyt före Sébastien Loeb. Toyotaföraren var nästan en halvtimme före fransmannen i mål.
– Det är otroligt att sluta tvåa i mitt första dakarrally, säger Loeb.
Sebastian Eriksson och kartläsaren Wouter Rosegaar, Nederländerna kom tvåa i lättviktsklassen efter andraplats på slutetappen.
Feliciano Lopez, stallkamraten i EKS South Racing, totalsegrade i klassen. Chilenaren var drygt 50 minuter före nykomlingen Eriksson i mål.