Trots att Coleman med tiden 51,94 gjorde sin fjärde snabbaste tid på distansen i kortbana var hon över en sekund bakom australiskan som noterade 50,67.
Emma McKeon, som sopade hem fyra guld och sammanlagt sju medaljer i OS i Tokyo, vann också världscupen på damsidan.
På herrsidan vann Matthew Sates, Sydafrika, den totala världscupen.
KLIPP: Sarah Sjöström jobbar fortfarande med styrka i högerarmen (26 oktober)