15 av 17 ledamöter röstade för beslutet som träder i kraft den 2 september.
Beskedet innebär att transpersoner som vill tävla med kvinnor måste visa att testosteronkoncentrationen i idrottsutövarens serum kontinuerligt har varit mindre än 2,5 nanomol per liter under en period på minst 24 månader.
Dessutom måste fyra år ha gått sedan en tävling i en herr- eller pojkklass inom någon idrott.
– Den linje som vi just har godkänt visar att vi prioriterar rättviseprincipen men visar att vi är inkluderande, säger förbundets ordförande Marisol Casado i ett uttalande.
Det Internationella simförbundet (Fina) röstade tidigare i sommar för en strikt linje när det gäller transpersoner som vill tävla som kvinnor.
Enligt Finas beslut ska en person som föds som man ha genomgått en könskorrigering innan tolv års ålder för att få tävla med kvinnor. Fina har även tillsatt en arbetsgrupp som ska utreda så kallade öppna klasser för transpersoner.