Ovädret kallas Boris och i Tyskland Anett. Det bildades över norra Medelhavet och har fört med sig extrem nederbörd.
I Tjeckien saknas minst fyra personer och i Österrike har en brandman omkommit i översvämningarna, uppger myndigheterna.
Sedan i torsdags har bland annat Österrike, Tjeckien, Ungern och Rumänien drabbats av hårda vindar och kraftigt regn.
Under gårdagen hittades fyra personer döda i regionen Galati i sydöstra Rumänien, där 5 000 bostäder skadats av regnmängderna.
– Det här är en katastrof av episka proportioner, säger Emil Dragomir, borgmästaren i byn Slobozia Conachi, där 700 hem översvämmats.
Flera dussin floder i Polen har överstigit larmnivån och en damm vid byn Stronie Slaskie har brustit. Flera områden evakueras på grund av översvämningar.
Javascript är avstängt
Över 250 000 hushåll är utan el
Ovädret har under helgen varit centrerat över Tjeckien och Österrike med intensivt och utdraget regnande.
I Tjeckien har kallat in omkring 100 000 brandmän för att hjälpa till med räddningsarbetet och på söndagen uppges ovädret lämnat 250 000 hushåll strömlösa, rapporterar NTB med hänvisning till den tjeckiska nyhetsbyrån CTK. Mer regn väntas dessutom fram till måndag.
– Vi förbereder oss för de värsta scenarierna, sa Tjeckiens premiärminister Petr Fiala på lördagen.
I Österrike har delar av tågtrafiken ställts in och i huvudstaden Wien står flera tunnelbanelinjer stilla efter risk för översvämning. I alperna varnas det för att det kan komma upp till 2 meter nysnö till följd av ovädret.
Grannlandet Slovakien har utlyst undantagstillstånd i huvudstaden Bratislava.
”Kämpar verkligen mot klockan”
Även Tyskland, Slovakien och Ungern riskerar svåra översvämningar när ovädret går vidare.
Enligt den tyska nyhetsbyrån DPA riskerar vattennivåerna i Elbe att stiga till fyra meter i slutet av veckan.
– Vi kämpar verkligen mot klockan här, säger Michael Klahre, talesperson för räddningstjänsten i Dresden, vid en presskonferens.