Mannen är i 40-årsåldern och greps i Sverige i juni. Det efter en begäran om utlämning från Ryssland där han misstänks för terrorbrott.
Utlämningen till Ryssland kunde dock inte genomföras då mannen också har uppehållstillstånd i ett annat europeiskt land, vilket utgör ett hinder för att lämna ut honom utanför EU, säger åklagare Mats Ljungqvist till TV4.
Eftersom säkerhetspolisen ansåg att han var ett hot mot rikets säkerhet släpptes han dock inte utan placerades i Migrationsverkets särskilda förvar medan Sverige väntade på att utvisa honom.
Under den tiden ska en begäran om att gripa honom inkommit från Belgien eftersom mannen misstänkts för terroristbrott även där.
Lämnades ut i hemlig insats med specialstyrkor
I en hemlig insats ledd av belgiska specialstyrkor ska mannen nu ha flugits ut ur Sverige. Det bekräftar åklagare Mats Ljungqvist, för TV4. Han uppger att även svensk personal var närvarande men vill inte berätta vilka myndigheter som deltog.
Torben Setterlund, som förordnats som mannens offentlig försvarare, har tidigare uppgett för SVT att mannen förnekar brott.
– Jag kan säga att min klients inställning är att anklagelserna mot honom är falska, sa han i samband med att mannen häktades.