Nordkalk menar att regeringen genom beslutet lagt sig i den tillståndsprocess som just nu pågår där Mark- och miljödomstolen ska avgöra om företaget ska få bryta ny kalk i området.
– Det är en principiell fråga, säger Nordkalks kommunikationschef, Eva Feldt.
Regeringens handlande strider mot EU:s bestämmelser om rätten till en rättvis rättegång, menar företaget.
Om Europadomstolen i Strasbourg går på Nordkalks linje kan svenska staten tvingas betala skadestånd. Själva Natura 2000-beslutet påverkas däremot inte.