"Nedgången i ekonomin var bred men hölls uppe av utrikeshandeln med varor, där exporten ökade och importen minskade", säger Jessica Engdahl, sektionschef på Nationalräkenskaperna, i ett pressmeddelande.
Till största del kan BNP-fallet förklaras av industrins avveckling av lager, enligt SCB.
Men nedgången var ändå mindre än befarat. Ekonomkårens snittprognos låg på minus 0,8 procent, enligt nyhetsbyrån Bloombergs sammanställning.
Under första kvartalet ökade BNP med 0,8 procent, enligt uppreviderade siffror.
Jämfört med andra kvartalet i fjol ökade BNP med 0,5 procent.